Kekkei Genkai são habilidades que só pode ser usado por membros da família ou do clã; nem o Sharingan de Hatake Kakashi consegue copiar as técnicas.
Hyouton
A segunda Kekkei Genkai a aparecer na série, logo após o Sharingan de Hatake Kakashi, é a habilidade de fundir as naturezas de chakra Fuuton (Vento) e Suiton (água) para formar Hyouton (Gelo). Fusőes elementais como essa só acontecem quando o indivíduo tem propensão genética, e por isso Hyouton é classificado como linhagem sanguínea. O elemento surgiu na série durante arco do País das Ondas.
Mokuton
Assim como o Hyouton, essa Kekkei Genkai também é uma fusão elemental de Naturezas de Chakra. Usando as naturezas Suiton (água) e Doton (Terra), o Shodai Hokage era capaz de criar troncos de árvores, plantas, enfim, um novo elemento, chamado Mokuton (Madeira). Inicialmente, apenas o Shodai era capaz de usar esse hijutsu - ou seja, o Mokuton é um limite sanguíneo que só se manifestou no fundador de Konohagakure, mas não em seus descendentes (até onde se sabe).
Souma no Kou
A tradução literal de Souma no Kou é "Ataque de um Par de Maus Espíritos", uma Kekkei Genkai que permite aos gêmeos Sakon e Ukon a habilidade de "desfazer" seus corpos em nível molecular para fundí-los com outros indivíduos. Na maior parte do tempo, essa linhagem é usada entre eles apenas, com Ukon mesclado ao corpo do irmão, adormecido. Durante uma luta, no entanto, Ukon pode fortelecer os golpes do irmão acrescentando seus próprios braços e pernas ao combate físico, ou usando elemento surpresa e se separando temporariamente para atacar um ponto cego.
Shikotsu Myaku
O Shikotsu Myaku ( literalmente "Pulso do Osso Morto", também pode ser lido como "Caminhos de Osso do Cadáver") do clã Kaguya é, provavelmente, uma das linhagens avançadas mais poderosas da série. Consiste na capacidade de controlar toda a estrutura óssea do corpo para adaptá-la ao combate. é perfeito para lutas a curta distância - apesar de poder ser usado em longo alcance, quando Kimimaro lança os ossos dos dedos como projéteis.
Juuin Jutsus
Essa Kekkei Genkai é usada por subordinados do Orochimaru, é o famoso Selo Amaldiçoado que fornece ao usuário poderes incríveis.
Byakugan
Essa é a famosa Kekkei Genkai do clã Hyuuga .Nesse estado, o Hyuuga tem uma visão absurdamente melhorada, conseguindo ver através de obstáculos físicos ou mesmo lugares muito distantes de sua posição original. Quanto mais experiente e habilidoso for o ninja, mais longe e com mais precisão poderá observar com esses olhos. Além disso, o ângulo de visão do ninja chega a quase 360º graus.
Rinnegan
Rinnegan (“Olho de Samsara”) é um doujutsu lendário no mundo ninja. De acordo com Jiraya, o primeiro indivíduo conhecido a apresentar a técnica foi Rikudou Sannin - o “Eremita dos Seis Caminhos” - que é considerado o criador do Ninjutsu como é conhecido, e famoso por ter dominado todas as cinco Naturezas de Chakra, simultaneamente.
Além da manipulação dos cinco elementos de chakra existentes, essa técnica também confere ao usuário a capacidade de manipular mais de um corpo ao mesmo tempo, todos eles compartilhando a mesma consciência e o mesmo campo de visão.
Sharingan
Provavelmente o doujutsu mais conhecido da série - afinal, é a característica principal de dois dos protagonistas - o Sharingan ( literalmente "olho copiador circular") é temido e conhecido desde antes da criação das vilas ninja. Ao contrário do Byakugan e do Rin’negan, essa técnica ocular não é aparente, já que o Uchiha só desperta o doujutsu quando precisa utilizá-lo.
Quando ativado, o olho aparentemente normal do Uchiha fica com a íris vermelha e adquire de um a três pontos em forma e vírgula (conhecidos comotomoe) ao redor da pupila - quanto mais pontos no olho, mais evoluído é odoujutsu. Essas tomoes giram quando o olho está processando o que vê.
O Sharingan proporciona várias vantagens: seus usuários são capazes de prever com precisão movimentos que antes não estariam sequer aptos a acompanhar; a partir dessa habilidade, o Uchiha pode copiar perfeitamente selos, combos de taijutsu, quase qualquer movimento ou jutsu que esteja em seu campo de visão. Também conseguem ver o movimento e fluxo de chakra dos organismos ao seu redor, bem como do próprio corpo.
Mas a característica mais conhecida da técnica no mundo ninja é a facilidade com que os usuários do Sharingan podem infligir Genjutsus nos adversários. Basta que as vítimas mantenham contato visual com o ninja para que corra o risco de cair em uma ilusão.
Quando ativado, o olho aparentemente normal do Uchiha fica com a íris vermelha e adquire de um a três pontos em forma e vírgula (conhecidos comotomoe) ao redor da pupila - quanto mais pontos no olho, mais evoluído é odoujutsu. Essas tomoes giram quando o olho está processando o que vê.
O Sharingan proporciona várias vantagens: seus usuários são capazes de prever com precisão movimentos que antes não estariam sequer aptos a acompanhar; a partir dessa habilidade, o Uchiha pode copiar perfeitamente selos, combos de taijutsu, quase qualquer movimento ou jutsu que esteja em seu campo de visão. Também conseguem ver o movimento e fluxo de chakra dos organismos ao seu redor, bem como do próprio corpo.
Mas a característica mais conhecida da técnica no mundo ninja é a facilidade com que os usuários do Sharingan podem infligir Genjutsus nos adversários. Basta que as vítimas mantenham contato visual com o ninja para que corra o risco de cair em uma ilusão.
Técnica Ocular de Ranmaru
Exclusivo do anime, esse doujutsu do kirinin Ranmaru é um pouco semelhante ao Byakugan, mas não completamente passivo. Quando ativada, a técnica faz os olhos de Ranmaru adquirirem um brilho avermelhado, conferindo ao garoto uma visão semelhante como a dos Hyuuga, em menor escala e alcance. Também o torna capaz de expandir partículas especiais de chakra para criar espectros com sistema de chakra, confundindo o inimigo para ocultar sua presença e de seus aliados.
